私募股权基金（以下简称“基金”）一般采取合伙制或公司制的法律形式，而有限合伙因其灵活的组织架构和税收便利等优势为基金通常所采用。所得税法规政策已经确立合伙企业不征收企业所得税的基本制度，因此，有限合伙制股权基金的所得税问题，主要是指基金投资人（即基金的普通合伙人和有限合伙人）、基金管理人、基金管理团队等市场主体如何计算和缴纳企业所得税和个人所得税问题。
以下从合伙企业所得税法规政策现有基本规定及演变过程出发，分析基金相关市场主体取得收入的主要类型、性质及相应税负，并以此说明在基金设立和运作过程中的税收优化做法，并在此基础上对目前合伙企业相关税收问题的两个重大基础理论问题作一深入探讨。
一、合伙企业相关所得税的基本规定
（一）层面
1、国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知（国发[2000]16号）
《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知（国发[2000]16号）》（以下简称“16号文”），其主要规定为：从2000年1月1日起停止对合伙企业征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。
16号文在法规层面上首次确立了合伙企业不征收企业所得税的原则。
2、财政部、税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知（财税[2000]91号）
《财政部、税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知（财税[2000]91号）》（以下简称“91号文”），其主要规定包括：
（1）合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照《个人所得税法》的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
（2）投资者的费用扣除标准，由各省、自治区、直辖市地方税务局参照个人所得税法“工资、薪金所得”项目的费用扣除标准确定。投资者的工资不得在税前扣除。
（3）投资者兴办两个或两个以上企业的（包括参与兴办），年度终了时，应汇总从所有企业取得的应纳税所得额，据此确定适用税率并计算缴纳应纳税款。
（4）投资者兴办两个或两个以上企业的，企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。
91号文规定合伙企业可以在税前扣除成本、费用及损失以及具体的比例或金额限制，从而明确投资者应纳税所得额的计算方法。91号文还规定了投资者兴办多个合伙企业的情况下，应纳税所得额应当汇总计算，但经营亏损却不能跨企业弥补。通常认为这一规定不利于鼓励投资者投资多个基金，因而也不利于专门投资于基金的基金（Fund of Fund）的发展。
3、税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（国税函（2001）84号）
《税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（国税函（2001）84号）》（以下简称“84号文”），其主要规定为：合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
4、财政部、税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知（财税[2008]65号）
就合伙企业税前扣除问题，《财政部、税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知（财税[2008]65号）》（以下简称“65号文”）进一步规定：（1）合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除；（2）合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2%、14%、2.5%的标准内据实扣除；（3）合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入15%的部分，可据实扣除超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除；（4）合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。
由于新企业所得税法的实施，65号文就合伙企业层面发生的成本和费用的税前扣除标准在91号文的基础上按照新企业所得税法的规定进行了进一步细化和限制。
5、财政部、税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知（财税[2008]159号）
《财政部、税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知（财税[2008]159号）》（以下简称“159号文”）第二条进一步规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
159号文首次针对法人和其他组织作为合伙企业合伙人的情形下所得税问题做出原则性规定，并正式确定“先分后税”的原则，同时规定合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。
6、财政部、税务总局关于调整个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知（财税[2011]62号）
《财政部、税务总局关于调整个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知（财税[2011]62号）》（以下简称“62号文”）明确：合伙企业自然人投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，投资者本人的费用扣除标准统一确定为42000元/年（3500元/月）；投资者的工资不得在税前扣除。62号文只是在91号文的基础上，根据2011年个人所得税法的修改，相应地调整自然人投资者的费用扣除标准。
7、财政部 税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者取得种植业 养殖业饲养业捕捞业所得有关个人所得税问题的批复（财税[2010]96号）（96号文）
《财政部税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者取得种植业 养殖业饲养业捕捞业所得有关个人所得税问题的批复》（财税[2010]96号）规定：对个人独资企业和合伙企业从事种植业、养殖业、饲养业和捕捞业（以下简称“四业”），其投资者取得的“四业”所得暂不征收个人所得税。
（二）地方规定
在地方法规和政策层面，各地方为鼓励私募股权投资的发展，纷纷出台促进股权投资基金发展的政策，其中都含有合伙企业所得税处理的相关规定。纵观各地出台的合伙企业所得税规定，大多只是重复上述层面已有的规定，但也有细微的突破，各地的税收政策法律依据主要为84号文规定。以下分别以天津市、上海市和北京市以及深圳的有关政策规定为例进行分析。
1、天津市
天津市《促进股权投资基金业发展办法》规定：以有限合伙形式设立的合伙制股权投资基金中，自然人有限合伙人，依据有关规定，按照"利息、股息、红利所得"或"财产转让所得"项目征收个人所得税，税率适用20%；自然人普通合伙人，既执行合伙业务又为基金的出资人的，取得的所得能划分清楚时，对其中的投资收益或股权转让收益部分，税率适用20%。
天津的政策在84号文的基础上有一定的突破：即除利息、股息和红利等权益性投资收益外，合伙人因合伙企业转让其持有的被投资企业股权取得的收益亦可以按照“财产转让所得”税目征收个人所得税，税率适用20%。
2、北京市
北京市《关于促进股权投资基金业发展的意见》规定：
① 合伙制股权基金和合伙制管理企业不作为所得税纳税主体，采取“先分后税”方式，由合伙人分别缴纳个人所得税或企业所得税；
② 合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照“利息、股息、红利所得”或者“财产转让所得”税目征收个人所得税，税率为20%；
③ 合伙制股权基金从被投资企业获得的股息、红利等投资性收益，属于已缴纳企业所得税的税后收益，该收益可按照合伙协议约定直接分配给法人合伙人，其企业所得税按有关政策执行。
④ 合伙人应缴纳的个人所得税，由合伙制股权基金和合伙制管理企业代扣代缴，其中通过法人单位分得的个人所得，由该单位负责代扣代缴个人所得税。
北京的上述政策虽然从表述上与天津略有不同，但从实质上则基本完全一致，即合伙人（包括普通合伙人和有限合伙人）取得的股权投资收益及股权转让收益部分，均可以按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”税目适用20%税率计算征收个人所得税。
3、上海市
上海市2008年发布的《关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》规定，以有限合伙形式设立的股权投资企业和股权投资管理企业的经营所得和其他所得，按照有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。其中，执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照《个人所得税法》及其实施条例的规定，按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益（我们理解股权投资收益与股权转让收益属于不同的法律概念，两者在个人所得税法下的归属税目亦有不同，前者属于“利息、股息、红利”，后者属于“财产转让所得”。因此，此处所指的“股权投资收益”，严格意义上来说仅指“利息、股息、红利”，而不包括因合伙企业转让被投资企业股权取得的股权转让收益），按照《个人所得税法》及其实施条例的规定，按“利息、股息、红利所得”应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。
上海市该政策应该说完全是在前述政策的范围内做出的，不但没有任何突破，而且还有主动限缩的嫌疑。例如，就普通合伙人的所得的部分，上海的政策并没有像天津的政策一样对于其收入的性质进一步区分，而是一概按照“个体工商户的生产经营所得”适用5-35%的税率征收个人所得税。按照84号文的理解，普通合伙人收入中属于股权投资收益的部分，应该可以按“利息、股息、红利所得”税目适用20%税率计算缴纳个人所得税。对于合伙人因合伙企业转让其持有的被投资企业股权取得的收益是否可以像天津的政策一样按照“财产转让所得”税目适用20%的税率计算缴纳个人所得税，上海市该政策并未予以明确。
上海市有关部可能意识到上述问题，因而在其2011年5月3日发布的政策修订版《关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知（修订）》有关合伙制股权投资企业和股权投资管理企业的所得税问题一节中，仅仅保留“以合伙企业形式设立的股权投资企业和股权投资管理企业的生产经营所得及其他所得，按照有关税收规定，由合伙人作为纳税人，按照“先分后税”原则，分别缴纳所得税”的规定，其余已全部删除。
4、深圳市
深圳市人民颁发的《关于促进股权投资基金业发展的若干规定》（深府〔2010〕103号）规定：
①合伙制股权投资基金和合伙制股权投资基金管理企业不作为所得税纳税主体，采取“先分后税”方式，由合伙人分别缴纳个人所得税或企业所得税。
②合伙制股权投资基金和股权投资基金管理企业，执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照“个体工商户的生产经营所得”项目，适用5%
