2014年，税务总局进一步完善制度措施，加强土地增值税征管。笔者结合多年从事土地增值税清算工作的实践，总结了土地增值税清算过程中需要关注的几个特殊事项，供纳税人和同行参考。
一、代收费用的处理
房地产公司向购房者收取购房款时，有时会代收各种费用，然后再转交给委托单位，如：有线电视费、煤气初装费、公共设施维修基金、暖气开户费等。在进行土地增值税清算时，代收费用如何处理呢？
《财政部税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）第六条规定，对于县级及县级以上人民要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，如果代收费用是计入房价中向购买方一并收取的，可作为转让房地产所取得的收入计税。对于代收费用作为转让收入计税的，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数；对于代收费用未作为转让房地产的收入计税的，在计算增值额时不允许扣除代收费用。
税务总局印发的《土地增值税清算鉴证业务准则》（国税发〔2007〕132号）第二十五条规定，对纳税人按县级以上人民的规定在售房时代收的各项费用，应区分不同情形分别处理：（一）代收费用计入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税。实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。（二）代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，在计算增值额时不允许扣除代收费用。
税务总局印发的《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号，以下简称“91号文”）第二十八条规定，代收费用的审核，对于县级以上人民要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取；当代收费用计入房价时，审核有无将代收费用计入加计扣除以及房地产开发费用计算基数的情形。
［例］A房地产开发公司拟开发一栋住宅楼（普通标准住宅），取得土地使用权所支付的金额为6400万元，预计房地产开发成本11500万元，假设不能按转让房地产项目计算分摊利息支出，房地产开发费用按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”之和的10％计算扣除。建成后预计销售收入30000万元，需要代收煤气初装费、暖气开户费等600万元。当地适用的城建税税率为7%、地方教育费附加征收率为2%。
（1）假设A公司未将代收费用计入房价中向购买方一并收取，则其土地增值税清算时：
取得土地使用权所支付的金额＝6400（万元）
房地产开发成本＝11500（万元）
房地产开发费用＝（6400＋11500）×10%＝1790（万元）
与转让房地产有关的税金等＝30000×5.6%＝1680（万元）
加计扣除＝（6400＋11500）×20%＝3580（万元）
扣除项目金额合计＝6400＋11500＋1790＋1680＋3580＝24950（万元）
增值额＝30000－24950＝5050（元）
增值率＝5050÷24950＝20.2%
应缴土地增值税＝5050×30%＝1515（万元）
（2）假设A公司将代收费用计入房价中向购买方一并收取并且已全部支付，则其土地增值税清算时：
取得土地使用权所支付的金额＝6400（万元）
房地产开发成本＝11500＋600＝12100（万元）
房地产开发费用＝（6400＋11500）×10%＝1790（万元）
与转让房地产有关的税金等＝30600×5.6%＝1713.6（万元）
加计扣除＝（6400＋11500）×20%＝3580（万元）
扣除项目金额合计＝6400＋12100＋1790＋1713.6＋3580＝25583.6（万元）
增值额＝30600－25583.6＝5016.4（元）
增值率＝5016.4÷25583.6＝19.61%，普通标准住宅增值率在20%以下，免征土地增值税。
由此可见，将代收费用计入房价向购买方一并收取进行纳税筹划能加大扣除项目金额，降低增值率，可以起到降低土地增值税税负的作用，尤其是增值率在临界点时，节税作用更为明显。但计算时注意应符合91号文第二十八条规定，代收费用不应作为房地产开发费用计算基数。
二、转让房地产“其他经济利益”的确定
房地产企业向客户收取的违约金、滞纳金、赔偿金、分期付款（延期付款）利息是否应确认为土地增值税收入呢？
《土地增值税暂行条例》第二条规定：转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。
《土地增值税暂行条例实施细则》第五条明确，条例第二条所称的收入，包括转让房地产的全部价款及有关的经济收益。因此，如果转让房地产合同未履行，则房企收取的违约金不属于转让房地产有关的经济利益，未构成土地增值税纳税义务，不确认为土地增值税收入；如果转让房地产合同已履行，客户在履行合同时有瑕疵，房企收取违约金、滞纳金，或根据合同规定收取更名费、分期付款利息，则构成了价外费用，属于转让房地产有关的经济利益，应确认为土地增值税收入。
三、人防设施的处理
目前，房企在开发产品中按规定建造的地下人防设施通常有以下两种处理方式：一是自用或作为车库出租，二是作为车库销售永久使用权。
人防自用或作为车库出租按月（季、年）定期收取一定数额租金的情况下，根据《税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条第三款规定，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：（1）建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；（2）建成后无偿移交给、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；（3）建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。第三条第二款规定，房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》（苏地税规〔2012〕1号）规定：“人防工程的使用权和收益权未无偿移交给全体业主的，其相关成本、费用不予扣除。”因此，人防自用或作为车库出租，未作为公共配套设施移交的情况下，土地增值税清算时不扣除相应的成本费用，出租收入也不纳入土地增值税收入。
人防作为车库销售永久使用权时，《营业税税目注释（试行稿）》第九条规定：“销售建筑物或构筑物，是指有偿转让建筑物或构筑物的所有权的行为。以转让有限产权或永久使用权方式销售建筑物，视同销售建筑物。”
据此，房地产企业出售的地下停车位，以转让有限产权或永久使用权方式销售建筑物，视同销售建筑物。对取得销售收入应缴纳营业税、土地增值税、企业所得税。受让方不能办理车位产权手续，不需要缴纳车位契税。
四、房地产开发费用中利息支出的确定
房地产开发企业账面列支的利息为金融机构贷款利息，不超过商业银行同类同期贷款利率，且能按项目计算分摊并提供金融机构证明的，房地产开发费用等于利息加“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”之和的5%以内计算扣除，还是直接选择按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”之和的10％以内计算扣除实际清算时，企业往往选择从高，即当账面利息不及“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”之和的5%时，想选择按10%的统算。
根据《土地增值税暂行条例实施细则》第七条(三)及《税务总局关于土地增值税有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第三条（一）的规定，如果能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实单独扣除财务费用中的利息支出，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按《土地增值税暂行条例实施细则》第七条（一）、（二）项规定计算的金额之和的5％以内计算扣除；即如果能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，房地产开发费用＝利息＋本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的5％以内计算扣除。企业不能自行选择，应该按所达到条件去执行对应的扣除比例。
五、股东投入的土地在计算土地增值税时的扣除
股东将一土地投资给房地产开发企业，评估增值部分已按规定缴纳土地增值税。房地产公司将该地块开发后进行销售。在进行土地增值税清算时，该土地能否按投资时的评估值作为土地成本计算扣除额?
《财政部税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第五条规定：“关于以房地产进行投资或联营的征免税问题，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕048号）第一条暂免征收土地增值税的规定。”
股东已就投资宗地申报缴纳土地增值税，房地产公司应按评估值作为取得土地使用权的成本，在计算土地增值税时作为扣除项目处理。
但是房地产企业进行土地增值税清算时也应关注地方规定，如：《重庆市地方税务局关于土地增值税若干问题的通知》（渝地税发〔2011〕221号）第三条规定：“对以土地（房地产）作价入股进行投资的，凡所投资的企业从事房地产开发的，发生所有权转移时应视同销售土地（房地产），按本通知第一条的有关规定，计算缴纳土地增值税。被投资企业接受上述投资房地产时，可按作价入股价值确认接受的房地产成本，并报主管税务机关备案。”
青岛市地方税务局印发的《房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》（青地税函〔2009〕47号）第六条规定：“房地产开发企业以接受投资方式取得的土地使用权，根据有关文件的规定，此类情形以《财政部税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）文件的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：（一）2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。（二）2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除，投资或联营时形成的土地使用权溢价不得扣除。其中，对在2006年3月2日之前虽未办理土地使用权变更登记手续，但受让方已先行合法占有投资开发土地、并已投入资金开始开发的，按照上述规定处理。”
《山东省地方税务局关于明确投资入股土地征收土地增值税土地扣除项目金额问题的通知》（鲁地税函〔2004〕30号）规定：“纳税人利用外单位投资入股的土地从事房地产开发的，由于其取得该宗土地使用权时并无支付任何金额，故在转让该宗土地开发建设的房地产计算土地增值税时，不得按照投资入股企业取得土地使用权时支付的金额或投资入股时土地的评估价值作为土地的扣除项目金额予以扣除。”根据山东省地方税务局2011年第3号公告，目前该文已全文失效。
六、参加土地竞拍时支付的佣金的扣除
房地产企业参加土地竞拍时支付的佣金能否作为土地增值税的扣除项目呢？
《土地增值税暂行条例实施细则》第七条一款规定：“取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按统一规定交纳的有关费用。”佣金是支付给中介机构而不是支付给土地出让方或转让方的，因此不应当作为取得土地使用权所支付的金额，但可以计入管理费用计算比例扣除。
